Les deux organes de décision de l'Union sont aujourd'hui le Conseil de l'Union européenne (§ 1) et le Parlement européen (§ 2), le second ayant en effet gagné une place de plus en plus importante au sein de l'Union, principalement grâce à sa légitimité démocratique.
§ 1. Le Conseil de l'Union européenne
Organe "ministériel", le Conseil de l'Union européenne fut pendant longtemps le principal organe de décision au sein de l'Union, son fonctionnement complexe repose sur un mécanisme de vote variable en fonction des domaines considérés (A). Son rôle aujourd'hui le conduit à devenir de plus en plus un organe chargé de coordonner les politiques mises en place par l'Union (B).
A. La composition et le fonctionnement du Conseil
Le Conseil est composé de quinze membre, chacun de ces membres étant délégué par le gouvernement de l'Etat dont il est membre. Ces membres doivent tous être d'un niveau ministériel et leur choix va dépendre des questions qui seront à l'ordre du jour. La présidence du Conseil change tous les six mois. Afin d'assurer la continuité dans les travaux du Conseil, chaque gouvernement dispose d'une représentation permanente à Bruxelles, qui est dirigée par un Ambassadeur. Ces représentants permanents se réunissent chaque semaine au sein du Comité des représentants permanents (COREPER) dans le but de préparer les travaux du Conseil.
Le Secrétaire général du Conseil s'est vu confier un rôle particulièrement important en plus de ses attributions habituelles puisque depuis l'entrée en vigueur du traité d'Amsterdam, il est également le "Haut représentant de la PESC" au niveau international, il s'agit de Javier Solana depuis juin 1999.
Lorsqu'il exerce ses fonctions, le Conseil va statuer la plupart du temps à la majorité qualifiée. Cette majorité n'est pas calculée sur le principe un Etat une voix mais en fonction du poids démographique de l'Etat concerné. Le Conseil peut aussi statuer à la majorité simple ou à l'unanimité.
Bien qu'elle ait été réduite à un nombre restreint d'hypothèse, la règle de l'unanimité existe toujours. Elle est notamment appliquée lorsqu'il s'agit de faire constater la violation par un Etat de l'article 6 du T.U.E. qui dispose notamment que l'Union est
fondée sur les principes de la liberté, de la démocratie, du respect des droits de l'homme et des libertés fondamentales ainsi que de l'Etat de droit et des principes qui sont communs aux Etats membres.
Mais le Conseil statue aussi à l'unanimité comme par exemple pour l'adoption de positions et actions communes dans le domaine de la PESC. Pour éviter qu'une opposition d'un Etat ne bloque l'ensemble du processus, l'article 23, paragraphe 1 alinéa 2 du T.U.E. a prévu la possibilité pour un Etat membre qui s'oppose à une décision de s'abstenir de voter et d'assortir son abstention d'une déclaration formelle. Une telle déclaration aura pour effet d'empêcher l'application de la mesure à son égard tout en accordant la possibilité aux autres membres d'y être soumis. Enfin, à la suite de l'adoption du Compromis de Luxembourg en 1965, la pratique s'est instaurée au sein du Conseil d'adopter les mesures qui touchent aux intérêts fondamentaux des Etats sur un mode consensuel.
B. Le rôle du Conseil
Le rôle essentiel du Conseil et d'adopter les actes communautaires dérivés mais il assure aussi la coordination des politiques générales des Etats membres. Le Conseil dispose à ce titre d'un rôle important dans la coordination des politiques économiques et sociales des Etats membres en vue de la mise en place de l'Union économique et monétaire. Le rôle du Conseil est également central, voire même fondamental dans le cadre de la PESC puisqu'il est chargé d'adopter les grandes orientations définies par le Conseil européen.
C'est également au Conseil que va revenir la tâche de conclure les accords internationaux après que la Commission les eut négociés.
Une réflexion très importante a été menée pour dégager des lignes de conduite que le Conseil devra suivre dans la perspective des élargissements à venir. Cette réflexion a été menée par le Conseil lui-même et a fait l'objet d'une approbation par le Conseil européen d'Helsinki des 10 et 11 décembre 1999.
Le Conseil propose ainsi d'améliorer son système de coordination entre les acteurs nationaux au niveau ministériel et les acteurs européens, notamment au sein du COREPER et de son propre secrétariat. Le Conseil prêche aussi pour une plus grande efficacité dans son fonctionnement en enjoignant ses membres à travailler de manière rationnelle et rentable, tout en évitant de s'attarder sur des sujets secondaires ou mal définis.
D'une manière générale, le Conseil, comme la Commission ont véritablement pris conscience de la nécessité de lutter contre la "technocratie" dont ils sont accusés en se concentrant sur les tâches véritablement importantes. Paradoxalement, c'est bien à la lecture des propositions faites pour améliorer le fonctionnement de ces institutions que l'on se rend compte de l'ampleur des dysfonctionnements actuels.
§ 2. Le Parlement européen
Unique "assemblée" de l'Union, le Parlement européen a vu sa composition et son fonctionnement fortement changer depuis les origines de la construction communautaire (A), ces modifications sont allées de pair avec un renforcement de son rôle dans le fonctionnement de l'Union (B).
A. La composition et le fonctionnement du Parlement
Avant de devenir "Parlement européen", l'institution était une simple "Assemblée" dont les membres étaient délégués par les Parlements nationaux. C'est en prenant appui sur son pouvoir budgétaire que cette Assemblée a réussi à s'imposer et à devenir un véritable Parlement. Le 20 septembre 1976, le Conseil adopta une décision reconnaissant cette "transformation" avec, en annexe, un Acte portant élection des représentants à l'Assemblée au suffrage universel direct. La première élection du Parlement au suffrage universel direct a eu lieu en juin 1979. Le mandat des députés est de cinq ans. Le lien avec les parlementaires nationaux n'est pas rompu pour autant puisque des mécanismes sont mis en place afin d'assurer une information, voire une coopération entre les différents parlementaires.
Les conditions d'élection des députés au Parlement européen sont fixées par les Etats eux-mêmes, seules des règles de base, uniformes ont pu être adoptées, chaque Etat refusant de renoncer à sa propre tradition électorale. Le Parlement a cependant été chargé par le traité de Nice d'élaborer une procédure unique qui s'appliquerait dans l'ensemble des Etats membres. La procédure d'élection des députés au Parlement européen a conduit à une situation tout à fait inédite qui conduit à ce qu'un ressortissant de l'Union européenne puisse voter ou se présenter à l'élection au Parlement européen dans n'importe quel pays membre de l'Union.
Le Parlement européen est l'institution qui représente les quelques trois cent soixante seize millions de citoyens des pays membres. Il siège une fois par semaine en session plénière à Strasbourg en France. Afin de représenter au mieux le poids démographique de chacun des pays membres, le nombre des députés élus par pays va varier. Il y a en tout six cent vingt six députés au Parlement européen et le traité de Nice a prévu que leur nombre ne pourrait pas dépasser sept cent trente deux. Les parlementaires ne sont pas regroupés en fonction de leur nationalité mais en fonction de leurs affinités politiques.
Le Bureau du Parlement est composé du Président du Parlement et de quatorze vice-présidents qui sont élus pour deux ans et demi. Les parlementaires sont assistés dans leur tâche par des commissions, permanentes ou temporaires et peuvent mettre sur pied des commissions d'enquête.
B. Le rôle du Parlement
Le rôle du Parlement européen se divise en trois catégorie. Le Parlement est à la fois l'organe de contrôle politique sur la Commission ou général par le biais de l'élection du Médiateur à laquelle les parlementaires procèdent tous les cinq ans, l'organe budgétaire et, de plus en plus un organe chargé d'adopter ou de participer à l'adoption des actes communautaires dérivés.
La participation du Parlement peut se traduire de plusieurs manières. Celui-ci peut en effet donner un simple avis consultatif sur une décision mais il peut aussi être amené à participer plus activement au processus décisionnel par le biais de deux procédures : la procédure de coopération et la procédure de codécision.
Par la procédure de coopération, en cas de désaccord entre le Parlement et le Conseil, ce dernier ne peut passer outre l'opposition du Parlement qu'en statuant à l'unanimité. Depuis l'entrée en vigueur du traité d'Amsterdam cette procédure est devenue la procédure d'exception, la procédure de coopération devenant la procédure normale.
Par la procédure de coopération, le Conseil ne peut jamais passer outre l'opposition du Parlement européen, les deux institutions sont dès lors sur un pied d'égalité. Le traité d'Amsterdam a étendu cette procédure à une quarantaine de domaines et le traité de Nice poursuit dans cette direction, principalement par la transformation d'hypothèses qui jusque-là impliquaient un avis conforme du Parlement européen.
La procédure d'avis conforme du Parlement s'applique lors de la conclusion d'accords d'association avec des pays tiers et pour l'adhésion de nouveaux Etats membres. Le traité d'Amsterdam, dans son article 7, paragraphe 1 a prévu une nouvelle hypothèse d'intervention d'un avis conforme dans une procédure qu'il a mis en place et qui a pour objectif de faire constater une violation grave et persistante par un Etat membre des principes démocratiques énoncés à l'article 6 du T.U.E. que tous les membres doivent s'engager à respecter.